自體免疫疾病的諸多症狀不顯著，而且與其他疾病重疊，難怪高達40%的病人在一開始都被誤診。然而，正確診斷與早期治療，對於延緩永久性損傷及症狀與衰弱的控制，至為關鍵。
因此，熟悉自己的家庭病史並與醫生討論，是很重要的。追蹤體內各系統的狀況，也能夠協助醫生判斷需要進一步檢查的病因。目前並沒有單一的血液檢查能夠直接診斷自體免疫疾病，但透過多種抗體試劑及症狀比對，可以幫助確診。這些過程有可能令人感到沮喪，而且要花不少時間，因此在診斷確認之前，堅持到底更是重要。